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Kuzco, imperatore inca viziato ed egocentrico, è deciso a regalarsi per il compleAnno un nuovo parco acquatico (Kuzcotopia) costruito sulla cima di una collina, senza preoccuparsi del fatto che distruggerà tutta la civiltà dei contadini nel farlo. Quindi, decide di convocare al suo cospetto Pacha, il capo del villaggio. Questi si mostra in disaccordo con la decisione di Kuzco, dato che la sua casa verrà distrutta, ma l'imperatore, deciso a non voler ascoltare repliche, lo caccia dal palazzo. Frattanto Yzma, la perfida consigliera di corte appena licenziata da Kuzco per l'abitudine di sostituirsi all'imperatore nelle udienze, decide di sbarazzarsi del giovane per poter prendere il suo posto dopo la sua morte, avvelenandolo. Ma, a causa dell'ingenuità del suo braccio destro Kronk, per uno scambio di fiale l'imperatore beve accidentalmente la pozione sbagliata e viene trasformato in un lama. Per ovviare all'errore Kronk deve colpire Kuzco e fargli perdere i sensi, prima di portarlo fuori città per ucciderlo definitivamente, ma, colpito dai sensi di colpa, nel trasportarlo va incontro ad una serie di imprevisti e l'imperatore finisce accidentalmente sul carro di Pacha di ritorno al suo villaggio. Kronk lo perde così di vista.

Risvegliatosi, e scoperto di essere stato trasformato in un lama, l'imperatore ordina al capo villaggio di accompagnarlo al suo palazzo, ma Pacha decide di farlo solo se Kuzco accetterà di costruire il suo parco acquatico da un'altra parte. Kuzco non ne vuole sapere e così si avventura nella giungla da solo, imbattendosi in un branco di giaguari. Salvato da Pacha, Kuzco accetta le condizioni di Pacha per poter tornare a palazzo. Intanto al palazzo Yzma celebra il "funerale" dell'imperatore e si fa proclamare imperatrice, ma subito dopo viene casualmente a sapere da Kronk che l'imperatore è ancora vivo, e insieme partono per andarlo a cercare. Dopo qualche altra disavventura di Kuzco e Pacha, l'incontro con Kronk e Yzma avviene casualmente in una piccola locanda nella giungla, la Patria della carne di Mudka. Nella comica scena, solo fortunosamente la nuova imperatrice e il suo aiutante non si avvedono della presenza di Kuzco. Pacha, tuttavia, scopre le intenzioni di Yzma e corre subito ad avvertire Kuzco, ma l'imperatore (convinto che il lungo viaggio che sta facendo sia un trucco del contadino per ritardare il rientro a palazzo) si rifiuta di ascoltarlo e se ne va. Proprio mentre sta per raggiungere Yzma e Kronk, certo che essi siano in viaggio per ritrovarlo e riportarlo al suo palazzo, ascolta uno stralcio di conversazione tra i due e così, sconvolto, si rende conto del proprio sbaglio e si riconcilia con il suo amico.

Nel frattempo Yzma, scoperto che il lama era stato ritrovato da Pacha, giunge a casa di quest'ultimo per cercare Kuzco, e si finge una sua lontana parente per avere informazioni. La moglie di Pacha, Chicha, è però molto più furba e le tende una trappola assieme ai figli Tipo e Chacha per lasciare che suo marito insieme all'imperatore arrivino per primi al palazzo, facendo guadagnare loro del tempo. Yzma e Kronk riescono a fuggire e così comincia un rocambolesco inseguimento. In maniera imprevista, la nuova imperatrice e il suo muscoloso aiutante arrivano a palazzo per primi, nonostante siano finiti in un burrone durante il tragitto e siano stati superati da Kuzco e Pacha. Kronk è incaricato di ucciderli, ma quando Yzma glielo ordina offendendolo per l'ennesima volta, il giovane aiutante insorge e si ribella alla donna, venendo poi però messo fuori gioco da lei stessa. Yzma afferra la pozione in grado di far tornare Kuzco un umano e se ne impossessa: scoppia una rocambolesca lotta durante la quale l'anziana malfattrice, non riuscendo ad aprire la fiala, confonde la pozione con tutte le altre. Pacha decide di far bere tutte le pozioni al suo amico fino a che non troverAnno quella giusta mentre fuggono dalle guardie, chiamate da Yzma, che ha indicato i due amici come assassini dell'imperatore.

Dopo varie trasformazioni, rimangono solo due pozioni. Sia Kuzco sia Yzma, che vuole impedirgli di bere il contenuto della fiala, si precipitano su una di esse: dopo averla aperta, Yzma la beve e si ritrova trasformata in un'innocua gattina. Nell'ultima lotta tenta in ogni modo di impedire al lama di bere l'ultima pozione, quella giusta. C'è spazio anche per un altro eroico atto di Kuzco, che per la seconda volta salva Pacha da un precipizio, rinunciando ad afferrare la fiala. Ma alla fine il flacone viene ugualmente recuperato dal contadino, riconoscente, mentre Yzma viene atterrata casualmente da Kronk. Finalmente Kuzco riesce a bere la pozione e, dopo aver riassunto le sue sembianze umane, riprende possesso del Titolo imperiale. Le avventure passate hAnno cambiato l'imperatore, che smette di essere egoista e, tra le altre cose, rinuncia a costruire il suo nuovo parco acquatico sulla collina del villaggio di Pacha. Su consiglio di quest'ultimo, Kuzco opta per la costruzione di una modesta abitazione su un'altra collina, disabitata, vicino al villaggio di Pacha, con la cui famiglia manterrà un legame di amicizia. Kronk, riuscito a redimersi del tutto, diventa capo scout di un gruppo di bambini, di cui anche Yzma fa parte, ancora nelle sembianze di gatta e sotto massima libertà vigilata.