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Il film inizia con un flashback a Londra, con John Smith che cerca di sfuggire alle guardie inglesi che lo devono arrestare e decapitare per aver tradito il re Giacomo I nella missione in Virginia (in realtà, il colpevole è Ratcliffe). Ma quando sta per cadere da un palazzo, compare il Governatore Ratcliffe che lo fa cadere nel Tamigi, ridendo, poiché orgoglioso di essere tornato in pista con il suo Titolo, dopo aver accusato ingiustamente Smith, pensando ora di averlo ucciso. Finito il flashback, si vede Ratcliffe che finge di piangere davanti al re e alla sua consorte, la regina Anna, facendo credere di aver tentato di salvare John Smith per catturarlo, ma senza riuscirci. Il re è furioso, perché voleva Smith vivo. La regina consiglia di aspettare il ritorno del marinaio John Rolfe, in viaggio per l'America, per convincere il capo Powhatan a venire in Inghilterra con lui. Intanto, il re permette a Ratcliffe di preparare l'armata per andare a prendere l'oro in Virginia (America), ma prima dovrà aspettare il ritorno di Rolfe e il capo indiano.

Intanto, in Virginia, un Anno dopo il primo film e con la voce sparsa fino ai coloni bianchi del posto sulla morte di Smith, l'indiana Pocahontas è ancora triste per lui (non si separa mai dalla bussola di Smith) e se ne sta in disparte, in compagnia dei suoi amici, il procione Meeko, il colibrì Flit e il cagnolino Percy (nel primo film, Ratcliffe era il suo padrone). Quando John Rolfe arriva in America, conosce la principessa indiana allorché quest'ultima cercava di fermare la sua gente che voleva combattere con i coloni (per via di un fraintendimento con un uomo che stava salvando) e, sentendo due donne parlare di lei, crede che sia il capo della tribù indiana e la va cercare.

Gli indiani al villaggio, intanto, stAnno facendo una festa. Quando arriva John Rolfe, offre il suo cavallo come dono di pace a Pocahontas, anche se scopre che non era lei il capo. Comunque, invita Powhatan a venire con lui in Inghilterra, ma il capo rifiuta, con la motivazione che non vuole rubare il regno a re Giacomo. Pocahontas, coraggiosamente, si offre di andare al suo posto. Un po' a malincuore, Powhatan e Rolfe accettano. Dopo la festa, Pocahontas, in sella al suo nuovo cavallo, va a trovare Nonna Salice, per chiederle aiuto. Questa le dà come unico consiglio: «Ascolta lo spirito che è dentro di te.»

Il giorno dopo Pocahontas parte per l'Inghilterra con il guerriero più forte della tribù, sostituito del defunto Kocoum, Utamatumaki (Per brevità Utam), che l'accompagna per proteggerla, sotto ordine di Powhatan. Durante il viaggio, Pocahontas scopre che Meeko, Flit e Percy si sono nascosti sulla nave per seguirla nel suo viaggio e comincia anche a sentire qualcosa per John Rolfe.

Arrivati a Londra, Pocahontas corre di qua e di là per la città, con il cuore pieno di stupore per ogni cosa che vede. Quando arriva Ratcliffe, la principessa indiana scopre che il governatore vuole tornare in America per prendere l'oro, anche se nel primo film si era detto che gli indiani non possedevano nessun oro. John Rolfe lascia i suoi ospiti dalla signora Jenkins, la sua governante e madre adottiva, e va dal re Giacomo.

Ratcliffe consiglia al re di invitare Pocahontas al Gran Ballo, per inserirsi meglio. In realtà, il governatore ha in mente un piano malefico e John Rolfe l'ha capito, ma Pocahontas accetta lo stesso di andare al Gran Ballo. La signora Jenkins la trucca e la veste, facendola diventare una vera signora secondo i canoni europei. Rolfe le regala pure una collanina di perle d'oro e la principessa è costretta a togliersi la collana di sua madre, con grande dispiacere per Flit.

Rolfe e la principessa, accompagnati da Utam, vAnno al Gran Ballo e ballano insieme, ma proprio quando stAnno per baciarsi, Ratcliffe invita Pocahontas a ballare e si mette a parlare di John Smith. Durante la cena, Ratcliffe ed un gruppo di giullari cantano una canzone per Pocahontas, poi fAnno apparire un orso americano incatenato e lo infastidiscono con due forconi davanti a tutti gli ospiti divertiti (in realtà quei giullari sono tre circensi furfanti ingaggiati da Ratcliffe per attuare il suo crudele piano). Pocahontas, che è una grande amica degli animali, li ferma e chiama re Giacomo e la sua gente 'barbari'. Il re, ingiustamente, la fa arrestare, insieme ad Utam. John Rolfe riesce a liberarli aiutato da John Smith, sopravvissuto in realtà alla caduta nel fiume.

Ratcliffe aveva fatto credere al re che Smith fosse un traditore e l'ex-capitano si era dovuto nascondere per tutto quel tempo. Pocahontas è felice di averlo ritrovato, ma è anche confusa, perché si sente molto più attratta da Rolfe. Dopo aver, finalmente, 'ascoltato' lo spirito dentro di sé, Pocahontas decide di tornare a palazzo e affrontare il re.

Dopo aver visto John Smith e aver ascoltato la sua versione dei fatti, il re decide di stare dalla parte della principessa indiana e le permette di andare a fermare Ratcliffe, in partenza per la Virginia. Sulla nave, Pocahontas e i due John affrontano il governatore. Dopo un duello tra John e Ratcliffe, il primo riesce a disarmare il secondo ed a puntargli la spada alla gola. Il governatore implora pietà giurando di aver fatto solo il proprio dovere. Smith decide di risparmiarlo e gli intima la resa. Il Governatore, dapprima sommesso e sconfitto, estrae una pistola e sta per uccidere Smith ma viene fermato ed infine i due John riescono a farlo arrestare. Il re dà una nave a John Smith e lui invita Pocahontas a venire con lui, ma lei rifiuta, per due motivi: vuole tornare dalla sua gente e si è innamorata di John Rolfe. John Smith nonostante sia ancora innamorato di Pocahontas riesce a capirla e decide di lasciarla andare. Quando Pocahontas sale sulla nave incontra John Rolfe che decide di partire con lei come marinaio-colono, mentre Utam rimane con la signora Jenkins e l'orso della festa. Il film si conclude con il bacio tra John Rolfe e Pocahontas e la nave che si allontana verso la Virginia al tramonto.