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Sulla riva di un fiume tranquillo, una ragazzina di nome Alice si Annoia ascoltando la sua sorella maggiore che legge ad alta voce da un libro di storia su Guglielmo I d'Inghilterra. Quando sua sorella rimprovera i sogni ad occhi aperti di Alice, la ragazzina racconta al suo gattino Oreste che lei preferirebbe vivere in un mondo dei sogni privo di senso chiamato Paese delle Meraviglie. Alice e Oreste vedono passare un Bianconiglio con addosso un gilet, e Alice lo insegue mentre questo si precipita dicendo di essere in ritardo. Alice lo segue in una tana e cade in una voragine. Comincia a galleggiare, grazie alla sua gonna che le fa da paracadute, e finisce la caduta a testa in giù. Alice vede il coniglio bianco scomparire in una piccola porta e cerca di seguirlo, ma la serratura parlante della porta le consiglia di cambiare dimensione usando una bevanda e del cibo misterioso.

Alice beve da una bottiglia contrassegnata con "Bevimi", e si rimpicciolisce alla dimensione corretta per aprire la porta. Ma quando Alice viene a sapere che la porta è chiusa a chiave e lei è troppo piccola per raggiungerla in cima al tavolo, trova una scatola di biscotti con scritto "Mangiami". Ma una volta che Alice ne prende un morso, diventa gigantesca, riempiendo l'intera stanza. Poi comincia a piangere delle grosse lacrime che causano un'alluvione nella stanza. La serratura poi fa notare ad Alice che c'è ancora un po' di liquido nella bottiglia, così lei smette di piangere, beve l'ultima goccia e alla fine riesce a rimpicciolirsi nella bottiglia, a passare attraverso il buco della serratura e ad entrare nel Paese delle Meraviglie. Incontra alcuni strani personaggi tra cui il dodo Capitan Libeccio e i gemelli Pinco Panco e Panco Pinco, che le raccontano la storia "Il tricheco e il carpentiere".

Alice alla fine trova il Bianconiglio nella sua casa, ma prima che possa chiedergli per cosa è in ritardo viene mandata a prendere un paio di guanti. Mangia un biscotto e torna gigantesca, rimanendo bloccata nella casa del coniglio. Il Bianconiglio, Capitan Libeccio e lo spazzacamino Biagio Lucertola credono che Alice sia un mostro e progettano di bruciare la casa. Alice fugge mangiando una carota e diventando piccola come un insetto. Incontra e canta con dei fiori parlanti, ma poi loro la scacciano accusandola di essere un'erbaccia. Alice viene poi istruita dal fumatore di narghilè, Brucaliffo, a mangiare un fungo per cambiare dimensione: mangiando un lato si diventa più piccoli; mangiando l'altro, invece, si diventa più grandi. Alice decide di mettere in tasca un pezzo del lato del fungo che fa crescere e un altro pezzo del lato che fa rimpicciolire.

Alice incontra lo Stregatto, che dopo un discorso sibillino sulla direzione presa dal Bianconiglio le consiglia di visitare il Cappellaio Matto, il Leprotto Bisestile e il Toperchio. I tre gestiscono una pazza festa del tè e celebrano il "non compleAnno" di Alice, una giornata in cui non è il suo compleAnno. Appare il Bianconiglio, ma il Cappellaio Matto e il Leprotto Bisestile distruggono il suo orologio da taschino staccandogli le componenti meccaniche e imbrattandolo di cibi e bevande, fino a gettare fuori dalla festa il coniglio dopo avergli cantato "Un buon non compleAnno a te" appena hAnno saputo che l'orologio era un regalo di quell'occasione. Stufa della maleducazione e della pazzia degli abitanti del Paese delle Meraviglie, Alice decide di sospendere l'inseguimento del coniglio e vuole ritornare a casa, ma non riesce a ritrovare la strada del ritorno e s'imbatte nella Foresta di Tulgey. Lo Stregatto appare e conduce Alice in un labirinto di siepi giganti governato dalla terribile, infida e tirannica Regina di Cuori e il marito più piccolo, il Re di Cuori. La regina ordina la decapitazione dei giardinieri-carte pittrici (l'Asso, il Due e il Tre di Fiori), colpevoli di aver dipinto di rosso le rose bianche ed averla fatta infuriare per non aver piantato rose di colore rosso naturale, poi invita Alice ad una bizzarra partita a croquet con fenicotteri e porcospini come attrezzatura al posto delle vere mazze e delle vere palline e questo fa sì che Alice, pur avendo giocato secondo le regole, perda la partita mentre la Regina, illecitamente agevolata dai ricci, dai fenicotteri e dai soldati-carte che fungevano da archetti, riesce a vincere immeritatamente.

Lo Stregatto appare nuovamente e, approfittando del suo poter comparire e sparire a suo piacimento senza essere visto, fa uno scherzo alla regina, impigliando nella sua gonna il becco del fenicottero, così la sovrana, dopo essere finita a gambe all'aria, accusa ingiustamente Alice, che evita la decapitazione immediata solo perché il Re di Cuori propone di metterla sotto processo. In esso vengono chiamati a testimoniare il Leprotto Bisestile, il Toperchio e il Cappellaio Matto, i quali, del tutto ignari della faccenda, decidono di festeggiare il non-compleAnno della Regina, regalandole pertanto una nuova corona più grande, che però si trasforma nello Stregatto. L'animale parlante, per essere stato nominato da Alice, fa spaventare il Toperchio e questo crea lo scompiglio, che può essere fermato soltanto spalmando la marmellata sul naso del piccolo roditore, ma quest'ultima finisce per sbaglio sulla testa della Regina, che oltretutto riceve una martellata in testa dal Re nel tentativo di placare la bestiola. La sovrana, infuriata, incolpa nuovamente Alice, ma proprio in quel momento, la bambina si ricorda di avere ancora in tasca dei pezzi del fungo del Brucaliffo e li mangia, crescendo ad un'altezza enorme che secondo il regolamento del re è proibita in tribunale. Ora che è gigantesca, Alice si sente libera di dire la sua e, così facendo, insulta apertamente la regina, senza accorgersi che stava restringendosi alla sua dimensione regolare, dal momento che ha mangiato in fretta entrambi i lati del fungo; dopo che lo Stregatto riferisce la frase detta da Alice quando era gigantesca ("semplicemente che siete una grassa, pomposa, bisbetica vecchia tiranna"), la regina ordina alle sue guardie di decapitare Alice e l'ordine stavolta viene approvato anche dal Re, che all'inizio parteggiava per lei. Così Alice è costretta a fuggire e, durante la sua fuga, viene inseguita dalla maggior parte dei personaggi del Paese delle Meraviglie (compresi il tricheco, il carpentiere e le ostriche dei racconti di Pinco Panco e Panco Pinco, divenuti personaggi a se stanti) finché si ricongiunge infine con la serratura parlante, che le dice che stava dormendo e aprendo il buco da chiave che fungeva da bocca, le mostra il suo doppione reale, così lei sollecita la sua alter-ego a svegliarsi per terminare questo sogno. Alice, la sorella e Oreste tornano quindi a casa per il tè.