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Scott e i suoi amici sono infatti impegnati con lo studio. I ragazzi credono di essersi finalmente liberati dei vecchi nemici, ma arrivano a Beacon Hills i "Ghost Riders" (detti in Italiano "Cavalieri Fantasma"), esseri che, venendo con le tempeste durante la "Caccia Selvaggia", rapiscono le anime delle persone e le cancellano dall'esistenza facendole dimenticare da tutti. Anche in questa stagione Scott e il branco cercano di salvare Beacon Hills e di ricordare e salvare Stiles Stilinski, che viene catturato dai Ghost Riders. Vedremo l'introduzione di un nuovo personaggio, un professore del liceo di Beacon Hills, Garrett Douglas, il quale si rivelerà essere l'alfa usato dai Dottori nella scorsa stagione e la ricomparsa di uno vecchio, Theo, il quale cercherà di redimersi, stringendo un forte legame in particolare con Liam. Scott e il suo branco farAnno di tutto per evitare di far finire Beacon Hills nel dimenticatoio. In questa stagione si vedrà anche l'attaccamento tra Lydia e Stiles quando quest'ultimo dichiara di amarla in un momento cruciale. I Ghost Riders se ne vAnno via con Douglas diventato uno di loro, il che è sempre stato il suo scopo.
Scott e Lydia si apprestano a partire per il college, mentre Stiles è a Quantico per iniziare l'addestramento come agente dell'FBI. I progetti del branco vAnno di nuovo a monte quando un misterioso killer comincia a uccidere i lupi mannari, e stermina il branco di Satomi e la stessa Satomi. L'assassino è una insegnante, Tamora Monroe, che agisce così per vendicarsi dei suoi colleghi e amici uccisi dalla Bestia del Gevaudàn. Gerard ritorna per sobillare i cittadini di Beacon Hills contro le creature soprannaturali, che cadono vittime anche di un'altra creatura, l'Anuk-Ité, che fa impazzire di paura chiunque. Lo sceriffo Stilinski viene rimosso dal suo incarico, mentre Scott e gli altri si preparano a combattere una nuova battaglia, con al loro fianco Ethan e Jackson, che stAnno insieme e vivono a Londra e in seguito vengono catturati dalla Monroe, incitando gli studenti del liceo a fare parte del suo esercito; tornano in città anche Stiles, e Derek, ricercato da FBI e Interpol, poiché indicato da Gerard come autore dei suoi crimini in giro per il mondo; la battaglia inizia all'interno della scuola, nella quale Derek e Peter vengono trasformati in statue di pietra dall'Anuk-Ité che si rafforza e sfida Scott, che, per combatterlo, si cava gli occhi con i suoi stessi artigli e riesce a sconfiggerlo grazie all'aiuto di Stiles che, con il Sorbo degli uccellatori distrugge l'Anuk-Ité. Gerard, nel frattempo, spara a Kate con l'aconito giallo. Dolorante, Kate riesce a trasformarsi e ad uccidere Gerard. La Monroe riesce a fuggire e nel finale di stagione, Scott salva un giovane lupo mannaro (Alec) e lo accoglie nel suo branco, dicendogli che la guerra con i cacciatori non è finita.