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Nella terza stagione i protagonisti, ormai stabiliti su Atollon, portano a termine delle missioni di reclutamento di ribelli e di recupero di armi. Entra in scena il grand'ammiraglio Thrawn che è determinato a scovare la base ribelle e la spia all'interno delle file imperiali che si fa chiamare Fulcrum. Si fa di nuovo vivo Maul che, aprendo gli holocron Jedi e Sith con l'aiuto di Ezra, cerca informazioni per vendicarsi di Obi-Wan Kenobi e dei signori dei Sith. Ezra, in seguito, prende a Maul la spada laser oscura che appartiene di diritto al guerriero più forte di Mandalore. Sabine è quindi costretta a fare i conti col proprio passato e, una volta imparata a maneggiarla, ritorna da sua madre. Qui, dopo alcune incomprensioni iniziali, viene accolta e cerca di riunire sotto di se tutte le tribù mandaloriane per poi appoggiare la ribellione. Alla fine sia Maul che Thrawn raggiungono i propri obbiettivi: il primo trova Kenobi, ma dopo un breve scontro, muore ucciso dallo Jedi su Tatooine e Thrawn smaschera Fulcrum che si scopre essere il redento Agente Kallus e identificando le sue trasmissioni verso i ribelli localizza la loro base e l'attacca. Nella battaglia i ribelli subiscono numerosissime perdite, tra cui anche il Comandante Sato, ma i superstiti riescono a forzare il blocco imperiale grazie all'aiuto di Bendu, un essere sensibile alla Forza indigeno che scaccia dal pianeta sia gli imperiali sia i ribelli, e delle navi di supporto inviate da Sabine.