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All'alba del terzo millennio, la Megaditta si trova di fronte ad una crisi a causa della mancanza di soggezione dei nuovi impiegati. Si decide perciò di far tornare in vita, grazie alla biotecnologia avanzata, l'impiegato più servile di tutti i tempi: il ragionier Ugo Fantozzi. Dopo aver innaffiato per mesi la piantina di Balabam, riempiendosi di acqua da un orecchio e versandola dall'altro, il ragioniere è premiato dal duca-conte con una missione di responsabilità: controllare il suo figlio, un ragazzino troppo buono e generoso, rinchiuso in una scuola di educazione al potere, un autentico carcere dove si studiano il sopruso, la delinquenza e l'infamia.

Il figlio del duca-conte si sfoga, con altri compagni, per la totale assenza dei rispettivi genitori. Uno dei ragazzini dice a Fantozzi di immaginarlo come il tipico impiegato servile: Fantozzi si intenerisce e porta i bambini di nascosto allo zoo. Uno dei ragazzi apre il recinto, liberando un elefante. I ragazzini finiscono tutti in questura. Tutti i bambini sono recuperati dai delegati dei genitori, mentre il Balabam junior è raggiunto da Fantozzi, che dice di esserne il padre e dichiara di non voler più condurre una vita dissoluta per essere accanto al figlio. Scoperto dal duca-conte, viene punito con ben trentanove frustate.

La «febbre» da SuperEnalotto imperversa ormai in tutta Italia. Fantozzi decide di giocare un sistema in società con alcuni ex-colleghi, tra i quali la signorina Silvani. Dopo molte settimane di gioco senza aver vinto nulla, gli ex-colleghi mandano Fantozzi ed il suo sistema a quel paese. Fantozzi nel frattempo ha dovuto vendere tutto il mobilio, rinunciando persino al riscaldamento per trovare i soldi da poter giocare. La moglie Pina va in ricevitoria a fare la giocata, ma all'ultimo momento decide di non giocare il sistema, raccontando però al marito di averlo giocato regolarmente. Ovviamente Fantozzi fa 6 e vince: mentre esulta per la gioia, Pina è sul punto di svenire. Alla fine, mentre Fantozzi è andato a prendere dello champagne, Pina scrive un biglietto in cui confessa al marito la triste verità. Arriva però in casa Fantozzi la Silvani, convinta ormai che Fantozzi sia miliardario e ben decisa ad andare a convivere con lui.

Fantozzi realizza il sogno di una vita, ma è costretto ad affittare un castello già residenza di papa Bonifacio VIII da un macellaio e a soddisfare i mille capricci della Silvani a suon di cambiali. La Silvani, però, vuole essere solo servita e riverita, e si rifiuta di essere una brava donna di casa come Pina, che il ragioniere inizia ben presto a rimpiangere. Quando i creditori delle cambiali firmate da Fantozzi reclamano il pagamento, la Silvani scopre tutto e se ne va. Fantozzi torna dunque a casa dalla Pina, e i due tornano insieme come al solito. A casa Fantozzi arriva la mostruosa nipote Uga, affidata ai nonni materni dai genitori. I nonni scoprono che la ragazza è infatuata di un certo Alex, uno spogliarellista. Uga si presenta al suo spettacolo, i nonni la seguono, e Fantozzi è costretto a vestirsi da donna per entrare nel locale e controllare la nipote.

Per il capodAnno del 2000 i coniugi Fantozzi ricevono inaspettatamente un invito ad un Gran Galà, organizzato dalla contessa Serbelloni Mazzanti Vien dal Mare. L'invito era destinato al dottor Ugo Fantocci, ma Fantozzi lo ritiene destinato a lui, credendo che, come al solito, avessero storpiato il suo cognome e che dottore fosse un Titolo attribuitogli perché, come dice a Pina, che gli fa notare di essere ragioniere e non dottore, "ormai siamo tutti dottori". Al Gran Galà, dopo le solite brutte figure di Ugo, i due siedono al tavolo d'onore con la Contessa. Vengono servite delle grandi mozzarelle di bufala che però non bastano per tutti gli ospiti, così si scatena una rissa. A fine festa raggiunge il luogo il dottor Ugo Fantocci, il vero destinatario dell'invito, così i coniugi Fantozzi sono costretti a fuggire e vengono rincorsi da tutti gli invitati e dalla Contessa, alla quale viene servito da bere un tè con pasticche di viagra che la fAnno diventare una ninfomane in cerca di uomini, fino ad un porticciolo, dove trovano una barca con cui si allontanano, finendo però su un'isola.

Il ragioniere chiede a Pina di andare a comprare due fucili, con l'intenzione di suicidarsi, sperando che in qualche altra galassia esista almeno un mondo che sia felice. Sopraggiunge un alieno (somigliante a Fantozzi nell'abbigliamento da ragioniere), che afferma che sono molti anni luce che cerca quel mondo felice e che, data la sua veneranda età, la Terra è l'ultimo pianeta dove ha la possibilità di cercarlo. Fantozzi gli riferisce che la Terra non lo è e l'alieno si rattrista; allora Fantozzi chiede alla moglie di comprare tre fucili invece di due.