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James Gordon, nuova recluta nel dipartimento di polizia di Gotham City (GCPD), affiancato dal partner dai modi spicci Harvey Bullock, si ritrova a risolvere uno degli omicidi di più alto profilo a cui Gotham abbia mai assistito: l'assassinio dei ricchi coniugi Thomas e Martha Wayne. Nel corso della sua indagine Gordon incontra il giovane figlio dei Wayne, Bruce, ora sotto la tutela del maggiordomo Alfred Pennyworth, il quale rafforza ancora di più la decisione del poliziotto di trovare l'assassino. Altri personaggi incontrati da Gordon nell'investigazione sono il tirapiedi Oswald Cobblepot (detto "Pinguino"), la ladra orfana di strada Selina "Cat" Kyle, il medico legale del GCPD Edward Nygma e l'assistente del procuratore distrettuale Harvey Dent. Gordon rimane coinvolto nella guerra tra le bande criminali più potenti di Gotham, soprattutto con i mafiosi Fish Mooney, Carmine Falcone e Salvatore Maroni.