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La quinta stagione inizia con Lydia che cerca di scappare da Eichen House e che ha finalmente sviluppato i suoi poteri da Banshee, ma quando è vicina al cancello vede Aiden (che poi si rivelerà essere il dottor Valack) e viene bloccata. Scott, Stiles, Malia, la stessa Lydia, Kira e Liam affrontano dei nuovi nemici, i Dottori del Terrore, che rapiscono e trasformano geneticamente degli adolescenti in chimere (incroci tra lupi mannari e altre specie). In seguito il branco si disgrega a causa delle macchinazioni di Theo Raeken, che i Dottori hAnno trasformato da ragazzino in un coyote mannaro, ma i ragazzi si chiariscono e tornano assieme. Nel frattempo Lydia viene rinchiusa dalla madre a Eichen House e il dottor Valack le trapana la testa per amplificare i suoi poteri. Il branco si allea temporaneamente con le chimere per salvare Lydia, ma restano bloccati all'interno finché il vicesceriffo Parrish, che ha scoperto di essere un Segugio Infernale, va in loro soccorso e permette a Stiles di salvare Lydia.