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Durante il bombardamento di Londra della seconda guerra mondiale negli anni '40, l'ex compagna di giochi di Peter Pan, Wendy Darling, è cresciuta, si è sposata e ha due figli: Jane e Danny. Suo marito, Edward, è inviato a combattere in guerra. Wendy cerca di tenere loro alto il morale con le storie di Peter Pan, ma Jane è diventata cinica sotto le pressioni della guerra, sminuendo le storie che la madre racconta e ridicolizzando involontariamente la fede di suo fratello in esse. Jane ha promesso a suo padre che si prenderà cura di sua madre e della famiglia quando lui non ci sarebbe più stato. Ma quando Wendy le dice che deve essere trasferita in campagna per la sua sicurezza, Jane litiga con la madre e Danny. In seguito, Wendy rimprovera Jane per il suo sfogo e il suo comportamento.

Nel frattempo Capitan Uncino, ancora in cerca di vendetta contro Peter Pan, irrompe nella casa dei Darling. Non conoscendo il numero di anni che sono passati, Uncino scambia Jane per Wendy e la rapisce per usarla come esca per Peter. Tornato all'Isola che non c'è, lascia cadere il sacco dove c'è rinchiusa Jane legata e imbavagliata nei tentacoli in attesa della "bestia" (una piovra gigante), aspettandosi che anche Peter, insieme alla sua fata-spalla Trilli, venga divorato mentre si tuffa dietro "Wendy" per salvarla. Peter salva Jane, e Uncino ottiene un assaggio della sua stessa medicina quando la piovra lo attacca e quasi lo mangia, ma viene salvato da Spugna. Nel frattempo, dopo aver scoperto che Jane è la figlia di Wendy, Peter pensa che voglia seguire le orme di sua madre: lui la porta a casa sua per essere la madre dei Bimbi Sperduti, ma Jane rifiuta perché lei è più interessata a tornare a casa. I ragazzi cercano di farla divertire e di insegnarle a volare, ma lei non ci riesce perché non crede. Jane si arrabbia e sbotta, dichiarando che lei non ne può più e non crede nelle fate, il che comincia a uccidere lentamente Trilli. Peter racconta ai Bimbi Sperduti che se Jane non crede, "la luce di Trilli si spegnerà". Peter dice ai ragazzi che devono fare di lei una parte del gruppo.

Dopo che Jane li ha lasciati, viene avvicinata da Uncino, che la inganna con un accordo. Egli promette di portarla a casa e che non farà del male a Peter se lei accetta di aiutarlo a trovare il suo tesoro. Egli dà Jane un fischietto per segnalargli quando lo individua. I Bimbi Sperduti vAnno alla ricerca di Jane e alla fine Peter la trova. Jane suggerisce di giocare alla "caccia al tesoro", e Peter e i suoi amici le mostrano come si divertono. Jane comincia a cambiare la sua immagine seria e impara anche a divertirsi. Quando Jane trova il tesoro, prende il fischietto che le ha dato Uncino e lo getta via, rifiutandosi di aiutarlo. Peter e i suoi amici fAnno di Jane la prima Bimba Sperduta, il che la commuove molto, e festeggiano. Tuttavia, uno dei Bimbi sperduti trova il fischietto e soffia. Uncino e il suo equipaggio arrivano e catturano Peter Pan e i suoi amici, per poi lasciare andare Jane come ringraziamento per averli "aiutati". Nonostante Jane neghi di aver voluto aiutare Uncino in questo modo, Peter la chiama traditrice e le dice che poiché lei non crede alle fate, la luce di Trilli si spegnerà per sempre.

Jane si precipita a casa dei Bimbi Sperduti, ma arriva da Trilli troppo tardi. Jane è in lacrime rendendosi conto che Trilli è morta per colpa sua. La ritrovata fede di Jane, tuttavia, fa rivivere Trilli all'ultimo minuto. Entrambi si affrettano alla Jolly Roger, dove trovano i Bimbi Sperduti legati e Peter (legato ad un'ancora) in procinto di camminare sull'asse. Jane lo salva, e con l'aiuto della "fantasia, del coraggio e della polvere di fata", impara a volare e slega Peter. La nave di Uncino viene affondata dalla piovra (che ha sostituito il coccodrillo), che insegue lui e i pirati in fuga su una barca a remi. Ora che può volare, Jane è in grado di tornare a casa da Wendy e Danny. Dopo essersi scusata con sua madre per il suo comportamento precedente, Jane si riconcilia con Danny, e Wendy e Peter si incontrano di nuovo, per la prima volta dopo anni. Anche se Peter è deluso dal fatto che è cresciuta, Wendy gli assicura di non essere davvero cambiata. Peter capisce questo e lo nota, e prima che voli via, promette che si vedrAnno ancora. Edward torna dall'esercito e la famiglia è riunita. Peter Pan e Trilli guardano per qualche secondo prima di volare a casa tranquillamente.